3月末

今週末は学会も終わって知多半島に引き籠もっています(写真は α700 MINOLTA F2.8 50mm MACRO)。

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ばらも成長しています(芽カキも終わって後は花を待つだけです)

 実はこの自宅サーバーではアクセスログの分析しております。http://tooota.dyndns.org/awstatsreport/ 参考

 毎年冬には「芝生の手入れ 芝焼き」や「冬の芝生の手入れ」と言ったキーワードで検索されて辿り着く方が結構いるようですが最近はサボり気味です(すいません)。

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今日の芝生

 知多半島の市町村でも野焼きや芝焼きが条例で禁止されている様です。芝焼きは地面に根の成長に必要なカリウムやカルシウムが効率的に出来て良いのですが焼きすぎると、飛んできた種が地面まで落ちて発芽してしまい春先の雑草に悩まされていました。

 数年は秋から殆ど手入れをせず肥料をやらずに過ごし、芝が春先に休眠からさめたらまず草を抜いて、芝を強めに刈り込んで除草剤を使う方法にかえました。その後、除草剤の効果が落ち着いたら、肥料を入れて根切りをして、土を入れるのが春先の雑草に悩まされず手入れも楽だと思います。

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早咲きの河津桜

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ライラックのつぼみ

 春の一番良い時期です。午後は桜の下で考え事をしています。

サーバー設定(moldenのインストール)

Fortranの環境も作れましたので計算化学で良く使われるMOLDENをインストールしておきます。

MOLDENとはCMBIのGijs Schaftenaarが作られている計算化学向けのa pre- and post processing programです。非営利団体での個人的利用であれば、利用とコピーが許されるが。CMBIの許可なくコードの一部を再利用してはならない。計算に使用した場合は、論文で参照するとなっております。

今回はgfortranでコンパイルしますが必要なパッケージはgfortran,xorg-dev,libglu1-mesa-dev,xutils-devですが前回の開発ツールとX Window Systemをyumを使ってインストールすれば全てインストールされる様です。私の場合には作業中にmakedependがないとエラーが出ましたので

  • yum install makedepend

をrootになってインストールしました。

先ずはFTPサイトからソースファイルをダウンロードして展開します。

  • wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/molgraph/molden/molden5.0.5.tar.gz
  • tar zxvf molden5.0.5.tar.gz

ソースがあるディレクトリーに入り、makefileをLinux(私の場合には64bitです)向けに書き換えます。

  • cd molden5.0
  • vi makefile

で指定されているライブラリーのX11R6/lib を lib64と書き換えます。

後はmakeしてやれば実行モジュールが生成します。moldenとgmoldenが生成するのですがgmoldenを起動するとセグメンテーション違反の警告が出て起動できませんでした。古いバージョン(4.9)では実行できます。

実行は前に書いた様にX Window SystemがあればMS WinodwsでもMACでも

  • ./molden

とタイプすれば窓が幾つか開き実行します。

mol001

メインスクリーンショット

MOLDEN2MS Windows 上での実行画面

 私が使っているPCは計算サーバーとしては非力ですが結構滑らかに動いてくれます。

起動時のオプションは

  • -h → ヘルプの表示 ($ molden -h)
  • -m  → ビープ音を消す
  • -geom 550×550 → ウィンドウサイズの設定
  • -l → ロゴの非表示
  • -A → Z-matrix作成時に読み込んだ原子の順番を保つ(重要)
  • -MB → postscriptにタイトルと電荷のリストを表示しない(隠しオプション)
  • -S →  shadeをoffにする
  • -C → PostScriptのデフォルトをカラーにする

です。サーバーらしくなってきました。

 

 

サーバー設定(計算環境の作成)

サーバーにFORTRANを主として計算環境を構築した際のメモです。

まず始めに開発用のコンパイラー関係と数値計算ライブラリー(サブルーチン)をインストールします。

  • yum install gcc* compat-gcc* compat-glibc* compat-lib*
  • yum install blas lapack

併せて整数演算が速くて安定しているGFortran(G95)をインストールしておきます。こちらはyumで導入するのではなくバイナリーをダウンロードしてリンクを貼ることで使える様にします。設置場所は cd /usr/localとして

  • wget http://ftp.g95.org/v0.91/g95-x86_64-64-linux.tgz
  • tar zxvf  g95-x86_64-64-linux.tgz
  • ln -s /usr/local/g95-install/bin/*g95* /usr/local/bin/g95

としておけばg95 (ファイル名) で実行モジュールが作れます。

同様に数値計算ライブラリーも

  • ln -s /usr/lib/libblas.so.3 /usr/lib/libblas.so
  • ln -s /usr/lib/liblapack.so.3 /usr/lib/liblapack.so

もリンクを貼っておけば使い易くなります。

新しい魚導入(半年ぶり)

半年ぶりに魚(ディスカス)を自宅に連れてきました。写真はα700 MINOLTA F2.8 50mm MACRO

数年前に東京駅でOFF会でお会いしていたハイアマチュアの方がプロになって店を持たれていました。

130304__DSC0715自宅に連れ帰った2枚

 一晩たって赤虫もしっかり食べてくれました。

 実は半年前に同じ店から500円玉サイズを5枚つれて帰ってきましたがずいぶん大きくなりました。

130304__DSC0718ずいぶん大きくなりました

 人の縁って本当に不思議ですし、大切にしたいものですね

冬の生き物達

最近はちょっと難い話題ばかりでした。私の所の冬の生き物は元気です(写真はα700 MINOLTA F2.8 50mm MACRO)。

130303__DSC0709冬のバラ

 2月は硫黄石灰合剤(10倍希釈)を2回程行って、元肥を入れてあります。

130303__DSC0710同じく冬のバラ

 毎年書いていますが生き物は本当に難しいです。そして仕事で忙しいとほったらかしが続きますが手をかけたぶんだけは応えてくれる様です。知多半島にいてこんな事を書いていると豪雪の北海道や東北の人に叱られますが3月に入っても寒いので春が待ち遠しいです。

130303__DSC0711熱帯魚たち

 こちらも3ヵ月遅れの大掃除をしました。

新しいサーバー(PRIMERGY MX130 S2)導入(4)Xming (X Server for Windows) のインストールと設定

今回のPRIMERGYもサーバー機なので遠隔から操作できる必要があります。

まずはセキュアーが確保されている自宅ネットワーク内のWindowsやMACのクライアント機からX Window システムで通信できる様にします。

MS windows系の端末には通信ソフトであるPuTTY(http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/download.html)と表示を行うXmingとXming-fonts(http://www.straightrunning.com/XmingNotes/)が必要になります。予めダウンロードしてインストールしておく必要があります。

まずはサーバー側のsshd_config(/etc/ssh/sshd_config)ファイルをviなど開いて、最後に

  • X11Forwarding yes
    X11DisplayOffset 10
    X11UseLocalhost yes

を追記します。

続いて以下のコマンドを投入してsshdサービスをリスタートしておきます。

  • /etc/rc.d/init.d/sshd restart

これで通信が出来ます。接続には大きく分けて二つの方法があると思います。X Windowシステム全体を表示させる方法とコマンドからWindowを適時呼び出す方法です。

X Windowシステム全体を表示させることはメニュー画面が使えて非常に便利になります。こちらはX Display Manager Control Protocol(XDMCP)を使うことになります。

Screenshot

X Windowシステム全体を表示させる方法

 X Windowシステム全体を表示させる方法ではUDPのポートも既知ですし、始めはどうしてもネット上を平文でパスワードに関する交信あり、セキュア上も好ましくありません。これをセキュアな接続にするために接続出来る端末をIPアドレスで限定したり更に多くの手順が必要になります。

特にインターネットを経由して不特定な場所からサーバーのX Windowなどを使う場合にはVPNでのトンネリング行って、更にSSHで公開鍵を作成してから鍵認証ログインと組み合わせる方法を強く推奨します(参考URL http://projects.gnome.org/gdm/docs/2.14/security.html)。

ここではSSHのトンネル化にすぐに対応できる様にコマンドからWindowを適時呼び出す方法に絞って記録を残します。

MS Windows側のPuTTYの接続端末の構成を決める画面で設定を行います。

Putty_1ConnectionでXtermを指定

Putty_2X11でforwardingにチェックを入れて、local displayにlocalhost:0

 後はXmingを常駐させておき、接続先サーバーのアドレスを入れてPuTTYを起動すればSSHが開始されます。その後windowの起動コマンドを入れると

ssh画面

Windows上でX window Systemが動きます

 セキュアな接続などはまた別に纏めておきたいと思います。

追記)

mac系ならばX11端末(XQuartz)を立ち上げておいて

  •  ssh (接続先アドレス) -X(大文字で)

とコマンドを入れれば接続できます。

スクリーンショット同じサーバーをMACから

 最近はMACの方がlinux系と相性が良いので便利です。